早孕试纸两条杠但是有褐色的分泌物，可能是先兆流产、异位妊娠、葡萄胎等，应该针对具体情况进行处理。

1.先兆流产：胚胎着床初期的生长发育还不稳定，这时候受到一些因素影响就会出现先兆流产，先兆流产一般出血量比较少，为暗红色或者血性白带，少量血液无法及时排出，氧化后会出现褐色。对于先兆流产应该要积极的保胎治疗，黄体功能不全者，可以注射黄体酮，或口服地屈孕酮、黄体酮等；对于严重的子宫畸形或者宫腔粘连导致的，应尽快终止妊娠。对于染色体异常导致的自然淘汰一般无法治疗，会最终自然流产。

2.异位妊娠：输卵管管腔比较狭小，而且管壁薄，缺少黏膜下组织，受精卵着床以后马上就会穿过黏膜进入基层，胚胎继续生长就会发生输卵管妊娠破裂、输卵管妊娠流产等。早期的异位妊娠出血量会少一些，血不能及时排出会在阴道内氧化，形成褐色分泌物。应该要及时终止妊娠，可以进行保守性手术或输卵管切除术。

3.葡萄胎：葡萄胎是妊娠后胎盘绒毛滋养细胞增生，间质水肿形成的肿瘤，是由异常受精卵发育而成，会导致宫腔增大也会出现人绒毛膜促性腺激素增高，但葡萄胎无法正常生长，会在停经8~12周左右出现阴道出血，这种出血可多可少，出血少时容易氧化形成褐色分泌物，应该要及时清宫。

早孕试纸两条杠，但是有褐色的分泌物，应该要及时的去医院进行详细的检查，比如超声检查、血清HCG检查、血清孕酮检查、经阴道后穹隆穿刺等，明确病因对症治疗。早孕试纸两条杠，但是有褐色的分泌物要引起重视，尽快就医，不要耽误病情。