新疆博尔塔拉检查自闭症的费用大约在500-2000元之间，具体费用会因医院、检查项目和患者情况而有所不同。

新疆博尔塔拉作为新疆维吾尔自治区的一个自治州，其医疗资源和费用水平与其他地区存在一定差异。对于自闭症的检查，主要包括初步筛查、专业评估和诊断等环节，每个环节的费用也会有所差异。

一、初步筛查

1. 社区医院或基层医疗机构：这些机构通常提供初步的自闭症筛查服务，费用相对较低，大约在100-300元之间。
2. 综合医院的儿科或心理科：这些科室也提供初步筛查服务，费用相对较高，大约在300-500元之间。

二、专业评估

1. 专业评估机构：这些机构通常由专业的心理医生或儿童心理学家组成，提供全面的自闭症评估服务，费用大约在800-1500元之间。
2. 医院的专科门诊：一些医院设有专门的自闭症门诊，提供专业评估服务，费用与专业评估机构相当。

三、诊断

1. 综合医院的儿科或心理科：这些科室可以进行自闭症的诊断，费用大约在500-1000元之间。
2. 专业评估机构：这些机构也可以进行自闭症的诊断，费用与医院相当。

在选择检查机构时，患者和家属应根据自身情况和需求进行选择。如果只是进行初步筛查，可以选择社区医院或基层医疗机构；如果需要进行全面的评估和诊断，可以选择专业评估机构或医院的专科门诊。患者和家属也可以通过医保等方式减轻经济负担。

通过以上分析，我们可以看到新疆博尔塔拉检查自闭症的费用因机构和服务内容的不同而有所差异。患者和家属在选择检查机构时，应综合考虑自身情况、需求以及经济能力，做出合适的选择。也希望相关部门能够进一步完善医疗保障体系，减轻患者和家属的经济负担。