青海西宁治疗棘阿米巴性角膜炎的医院排名如下：

1. 青海大学附属医院：青海大学附属医院是青海省唯一的高等院校直属教学医院，拥有强大的医疗、教学、科研能力，是治疗棘阿米巴性角膜炎的优选医院。
2. 青海省人民医院：青海省人民医院是青藏高原上成立时间最早、建设规模最大、综合实力最强的综合性三级甲等医院，其眼科在治疗棘阿米巴性角膜炎方面有着丰富的经验。
3. 青海红十字医院：青海红十字医院在眼科疾病治疗方面也有显著成绩，特别是在棘阿米巴性角膜炎的诊治上。
4. 青海省中医院：青海省中医院在中西医结合治疗棘阿米巴性角膜炎方面有其独特的优势。
5. 西宁市第二人民医院：西宁市第二人民医院也是治疗棘阿米巴性角膜炎较好的医院之一。
6. 西宁市第一人民医院：西宁市第一人民医院在眼科疾病治疗方面也有丰富的经验，特别是在棘阿米巴性角膜炎的诊治上。

请注意，以上排名仅供参考，具体选择哪家医院还需根据患者的具体情况和医院的实际诊疗水平来决定。建议患者在选择医院时，可以结合自己的实际情况，通过线上问诊、电话咨询等方式，了解各家医院的诊疗方案、医生经验和患者评价等信息，以便做出更为明智的选择。