在新疆乌鲁木齐，有几家医院在治疗真菌性巩膜炎方面享有较高的声誉和专业水平。以下是一些推荐的医院：

新疆维吾尔自治区人民医院

• 简介：这是一家大型综合性“三级甲等医院”，拥有丰富的医疗资源和专业的医疗团队，特别在眼科疾病方面具有较高的诊治水平。
• 医生推荐：
  • 丁琳 主任医师，擅长各种疑难眼病的诊断和治疗，包括真菌性巩膜炎。
  • 徐晓燕 主任医师，具有丰富的眼科临床经验，擅长屈光、眼肌等疾病的诊治。

新疆医科大学第一附属医院

• 简介：作为集医疗、教学、科研为一体的大型综合性医院，该医院在眼科疾病方面具有较高的诊治水平。
• 医生推荐：医院拥有一支技术精湛的眼科专家团队，能够准确诊断并有效治疗各种眼部疾病。

乌鲁木齐市第一人民医院

• 简介：这是一家综合性的三级甲等医院，对于非典型分枝杆菌性巩膜炎的治疗有着丰富的经验，拥有先进的医疗设备和专业的医疗团队。
• 医生推荐：未具体提及，但整体经验丰富。

新疆宝石花医院

• 简介：作为央企医疗机构，是宝石花医疗新疆区域的中心医院，提供全面的医疗服务。
• 医生推荐：未具体提及，但作为综合性医院，具备一定的诊疗能力。

中国人民解放军第474医院

• 简介：这是一家具有光荣革命传统的部队医院，西北区眼科医院排行榜第5位，具备专业的眼科治疗能力。
• 医生推荐：未具体提及，但整体医疗水平较高。

以上医院均在治疗真菌性巩膜炎方面具有较高的专业水平和丰富的临床经验，您可以根据自己的实际情况和需求选择合适的医院进行就诊。建议在选择医院前，可以通过医院的官方网站或电话进行进一步的了解和咨询。