农村合作医疗住院报销比例根据医疗机构级别和费用分段计算，具体规则如下：
一、报销比例分段标准
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一级医疗机构（乡镇卫生院/村卫生室）
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起付线：100元
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报销比例：65%
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例：住院费用5000元，报销金额 = （5000-100）×65% = 3175元。
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二级医疗机构
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起付线：200元
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报销比例：55%-60%
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例：住院费用8000元，报销金额 = 2000×65% + 6000×60% = 5100元。
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三级医疗机构
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起付线：300元
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报销比例：45%-50%
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例：住院费用12000元，报销金额 = 1000×65% + 10000×55% + 10000×50% = 10750元。
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二、其他注意事项
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封顶线 ：每年累计最高报销40000元。
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缴费档次影响 ：职工医保缴费8%时，报销比例90%；缴费11.5%时，报销比例95%。
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特殊材料 ：进口材料按实际价格的60%报销，国产材料按90%报销。
三、计算示例
若某参保人在三级医院住院费用为15000元，且按职工医保缴费11.5%：
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起付线100元，可报销14900元；
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1000-10000元部分按65%报销，即5250元；
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超过10000元的5000元按55%报销，即2750元；
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总报销金额 = 100 + 5250 + 2750 = 9000元（未达封顶线）。
以上规则综合了不同地区的政策差异，具体以当地最新文件为准。