新疆吐鲁番治疗小儿短指-球状晶体异位综合征的医院排名如下：
1. 新疆医科大学第一附属医院
新疆医科大学第一附属医院在小儿遗传病及眼科疾病的治疗方面具有显著优势，是新疆地区治疗小儿短指-球状晶体异位综合征的首选医院之一。该院拥有先进的诊疗设备和经验丰富的医疗团队，尤其在遗传性疾病的诊断和治疗上，具备完善的技术和丰富的临床经验。
2. 新疆自治区人民医院
新疆自治区人民医院作为新疆地区的大型综合性医院，其眼科和遗传病诊疗中心在治疗小儿短指-球状晶体异位综合征方面也具有较高的水平。医院注重多学科协作，能够为患者提供全面的诊疗服务。
3. 新疆维吾尔自治区中医医院
新疆维吾尔自治区中医医院结合中医与西医治疗手段，为小儿短指-球状晶体异位综合征患者提供特色诊疗服务。医院在眼科疾病及遗传性疾病的中医治疗方面积累了丰富的经验，尤其适合对中医治疗感兴趣的患者。
4. 新疆医科大学第二附属医院
新疆医科大学第二附属医院在小儿遗传病及眼科疾病的诊疗上同样具有较强实力，医院注重个体化治疗，能够根据患者的具体病情制定合适的治疗方案。
5. 新疆生产建设兵团医院
新疆生产建设兵团医院作为新疆地区的重要医疗机构，其眼科在治疗小儿短指-球状晶体异位综合征方面也有一定经验，尤其在眼科疾病的手术和术后康复治疗上表现出色。
总结与提示
新疆吐鲁番地区治疗小儿短指-球状晶体异位综合征的优质医院主要集中在乌鲁木齐等大城市，吐鲁番本地可能缺乏相关专科医院。建议患者前往上述排名靠前的医院就诊，同时可根据自身情况选择适合的治疗方案。如需进一步了解医院详情或预约挂号，可通过医院官网或电话咨询获取帮助。