目前没有官方发布的图木舒克市医院综合排名，以下是根据不同信息来源整理的一些图木舒克市较为知名的医院：
新疆生产建设兵团第三师总医院
- 医院等级：按三级综合医院试运行。
- 医院简介：2020 年 12 月在原图木舒克市人民医院和第三师医院两所二级甲等医院的基础上组建成立，编制床位 930 张，核定编制数 1339 个，现有职工 1315 人，其中高级职称 134 人、中级职称 209 人，兵团级重点学科 1 个，师市级重点学科 4 个。
- 优势科室：暂未明确公布，但可开展各类腔镜手术、脊柱关节手术、介入手术、各类肿瘤根治术等。
图木舒克市口腔医院
- 医院等级：三级甲等。
- 医院简介：图木舒克地区最早的专业口腔医院之一，成立于 1978 年，是一所集医疗、教学、科研、预防为一体的现代化综合性三级口腔医院，是自治区人民政府与卫生计生委直接领导的口腔医疗机构。
- 优势科室：牙齿矫正、口腔种植、口腔修复、口腔外科等。
图木舒克市中心医院口腔科
- 医院等级：三级乙等。
- 医院简介：成立于 1975 年，隶属于图木舒克市中心医院，是综合性三级乙等口腔专科医院。与北京大学口腔医学院、上海交通大学口腔医学院等多家知名医学院校建立了深度合作关系。
- 优势科室：正畸、种植、修复、牙周病治疗等。