根据权威信息源综合分析，新疆乌鲁木齐治疗角膜炎的推荐医院如下：

一、综合实力强的大型三甲医院

1. 新疆医科大学第一附属医院

   优势 ：综合性三甲医院，眼科技术力量雄厚，尤其在白内障、青光眼、眼底病等复杂眼科疾病治疗方面处于区内领先水平，拥有205个科室和909位医生。 - 地址 ：新市区鲤鱼山南路137号。

2. 中国人民解放军新疆军区总医院

   优势 ：三甲综合医院，眼科科室设置完善，综合评分较高（428分），适合多类型角膜炎诊疗。 - 地址 ：友好北路359号。

3. 新疆医科大学第五附属医院

   优势 ：三甲综合医院，眼科在临床、科研、教学方面表现突出，拥有119条患者评论反馈其服务质量。 - 地址 ：未明确标注（需进一步查询）。

二、专科特色突出的医院

• 乌鲁木齐光正眼科医院

  优势 ：以正规资质、精良设备和专业团队为特色，擅长角膜病、眼表疾病诊疗，但权威性信息较低，建议进一步核实。

三、其他可选医院

• 新疆四七四医院

  优势 ：眼科在西北地区专科声誉排名第五，设备先进，但综合权威性略逊于前述三甲医院。 建议 ：优先选择新疆医科大学第一附属医院或中国人民解放军新疆军区总医院，这两家医院综合实力强且权威性高。若需专科特色服务，可考虑乌鲁木齐光正眼科医院，但需提前确认其资质与口碑。