正畸牙齿的危害主要涉及牙齿和牙周组织的潜在影响，口腔健康与舒适度问题以及其他系统性影响，这些危害并非必然发生，多数情况下可以通过科学预防和管理加以控制。牙齿正畸时牙根表面会发生吸收和重建活动，正常情况下治疗结束后牙根能够凭借自身修复能力恢复正常，但如果治疗过程中施力不当加力过大就会增加牙根吸收风险，可能对牙根长度和形态造成不良影响，牙根吸收是牙齿矫正过程中常见问题之一，在矫正过程中牙齿需要承受一定力量，这可能导致牙根表面的牙骨质被吸收从而影响牙齿稳定性和使用寿命。
部分患者在正畸治疗后牙槽骨高度会有少量降低，这主要是由于佩戴矫治器后口腔卫生不易保持增加了患牙龈炎的机会，进而对牙槽骨产生一定影响，只要在正畸治疗期间保持良好的口腔卫生习惯使炎症得到控制，牙槽骨高度在治疗完成后不会继续下降甚至会逐渐恢复，如果超限矫治或者过度牙齿移动会造成齿槽骨吸收牙龈萎缩牙根暴露，而且往往不可逆这是成人正畸潜在风险。正畸治疗在移动牙齿过程中会导致牙齿有轻微松动但一般都在正常范围内，牙齿松动经过保持会得到正常恢复，如果正畸治疗用力不当力量太大持续时间太长会造成牙周组织破坏和牙齿松动，如果患者本身牙齿周围牙槽骨有吸收牙龈退缩牙周带较深，这时再正畸有可能会加重松动引起牙齿脱落。
佩戴矫治器后牙齿表面多了矫治装置，进食后食物残渣容易堆积在矫治器周围，如果不能及时清理干净就会为细菌滋生创造有利条件，久而久之轻者可能出现牙齿表面白斑，严重的则会形成龋齿同时细菌还可能引发牙龈炎症出现刷牙出血等症状，若不及时治疗炎症进一步发展还可能导致牙周炎造成牙槽骨吸收牙龈退缩，口腔卫生不佳或矫正器具使用不当可能导致牙周炎牙龈萎缩等牙周疾病发生。在矫正过程中由于口腔清洁不彻底牙齿容易脱矿形成白斑，矫正过程中可能会由于各种原因导致牙齿表面出现脱矿甚至龋坏，特别是在佩戴固定矫治器时如果口腔卫生维护不佳这种情况更容易发生。
在正畸治疗初期牙髓内会产生轻度暂时性炎症反应，患者通常会在加力后头几天内感到牙齿疼痛或不适，大量实验证明这种影响在临床上并无严重意义，随着治疗推进牙髓会逐渐适应疼痛也会消失，安装和调整矫正器时牙齿和牙龈会受到一定压力从而引发疼痛和不适感，这种疼痛通常在初期较为明显但大多数患者会逐渐适应。不当牙齿矫正可能会改变咬合关系从而对颞下颌关节造成一定影响，引发关节弹响疼痛张口受限等症状，如果矫正不当可能会影响颞下颌关节正常功能导致颞下颌关节紊乱。
矫正过程中矫治器可能会刺激口腔黏膜导致口腔溃疡，矫治器存在可能导致牙齿表面出现磨损或划痕，尤其是在患者未能正确清洁牙齿情况下这不仅影响牙齿美观还可能损害牙齿健康。由于牙齿矫正过程较长所以可能让患者产生一定心理压力，在矫正过程中某些食物可能需要避免或限制以避免损坏矫治器。牙齿正畸是一项能够显著改善牙齿美观与功能治疗，但在决定进行正畸治疗前需要充分了解相关知识权衡利弊，同时选择正规口腔医疗机构和专业正畸医生也是确保正畸治疗安全有效关键。
正畸牙齿只要在设计步骤上符合正畸治疗原则，而且在正畸治疗过程中注意好口腔清洁卫生并且做到随时复诊，则通常没有什么危害，在做矫正治疗时候强烈要求患者要认真刷牙，只有刷好牙齿矫正完之后牙齿和牙周相对来说才会比较健康。对于未成年人牙齿矫正风险相对较小但仍需要家长或监护人密切关注和配合，对于成年人牙齿矫正风险可能会稍高一些，因为成年人牙齿和骨骼已经发育成熟矫正过程可能会更加复杂，还有对于一些患有口腔疾病或其他健康问题患者，牙齿矫正可能需要在特定情况下进行或者需要先进行治疗。
